مدیریت امور بیماری ها به عنوان مرجع رسیدگی به مشکلات بیماران خاص و صعب العلاج دارای وظایف گسترده و متعددی بوده که اهم ان برنامه ریزی ، نظارت و راهبری عرصه بیماری های خاص وصعب العلاج شامل بیماران نارسایی کلیوی ،تالاسمی ،هموفیلی ،ام اس ،ایی بی،روانپزشکی ،پیوند اعضاء و اعطای عضو،سرطان ودرمان سوءمصرف مواد می باشد.